Быстрый и сильный защитник Майкл Ли родился в Сэлфорде и вырос в Лей. Хорошо играющий в отборе и склонный подключаться к атакам при любой возможности, Ли может при необходимости сыграть и в центре поля.
Травмы не дали в полной мере раскрыться Майклу в выступлениях за команду Академии до 18 лет в сезоне 2005/06. Он провел на поле всего 13 встреч.
Но в 2006/07 – в свой третий год в Академии – Майкл стал регулярным игроком команды резервистов и забил свой первый гол в победном матче против "Bury" в Manchester Senior Cup.
Благодаря отличной игровой форме Майкл удостоился номинации на звание Лучшего Игрока Года среди резервистов, а также профессионального контракта с "Юнайтед".